Theo đó, các thủ tục thay thế gồm:
(1) Cấp Giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm
(2) Cấp lại Giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm
(3) Cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất thực phẩm, kinh doanh dịch vụ ăn uống.
Các thủ tục bãi bỏ gồm:
(1) Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở kinh doanh thực phẩm (Trường hợp cấp lại do cơ sở thay đổi vị trí địa lý của địa điểm kinh doanh, thay đổi, bổ sung mặt hàng kinh doanh và khi Giấy chứng nhận hết hiệu lực)
(2) Thủ tục cấp lại Giấy Chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở kinh doanh thực phẩm (trường hợp bị mất, bị tiêu hủy toàn bộ hoặc một phần, bị rách, nát hoặc bị cháy hoặc do cơ sở có thay đổi tên cơ sở, chủ cơ sở hoặc người được ủy quyền, địa chỉ nhưng không thay đổi vị trí địa lý và toàn bộ mặt hàng kinh doanh)
(3) Thủ tục cấp, cấp lại Giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất thực phẩm (Trường hợp cấp lại do cơ sở thay đổi vị trí địa lý của địa điểm sản xuất, thay đổi và bổ sung quy trình sản xuất và khi Giấy chứng nhận hết hiệu lực)
(4) Thủ tục cấp lại Giấy Chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở sản xuất thực phẩm (trường hợp bị mất, bị tiêu hủy toàn bộ hoặc một phần, bị rách, nát hoặc bị cháy hoặc do cơ sở có thay đổi tên cơ sở, chủ cơ sở hoặc người được ủy quyền, địa chỉ nhưng không thay đổi vị trí địa lý và toàn bộ quy trình sản xuất)
(5) Thủ tục Cấp Giấy xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm đối với tổ chức và cá nhân theo Thông tư 47/2014/TT-BYT
(6) Thủ tục cấp Giấy xác nhận kiến thức về an toàn thực phẩm đối với tổ chức và cá nhân theo Thông tư liên tịch số 13/2014/TTLT-BYT-BNNPTNT-BCT ngày 09 tháng 4 năm 2014 của Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương về hướng dẫn việc phân công, phối hợp trong quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm (thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ Y tế)
(7) Thủ tục cấp mới Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm
(8) Thủ tục cấp đổi Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm
(9) Thủ tục cấp mới Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống
(10) Thủ tục Cấp đổi Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đối với cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống.